يكى از امتيازات اثر حاضر اين است كه نویسنده از اختلاط علوم پرهيز كرده و فقط به بحثهاى عقلى و فلسفى پرداخته و مسائل علوم ديگر، مثل مباحث عرفانى و يا تفسيرى و يا اخلاقى و ادبى و... را با مسائل فلسفه اسلامى، آميخته نساخته است و به همين جهت در آن اثرى از استشهاد به مكاشفات شخصى و اشعار فارسى و عربى و... ديده نمىشود.
يكى ديگر از امتيازات اين اثر عبارت است از پرهيز از قياسهاى غير برهانى؛ چنانكه مؤلف در مدخل كتاب مىگويد: بحثهاى فلسفى فقط با قياس برهانى قابل اثبات است؛ زيرا تنها اين قياس است كه يقينآور است و حقايق را آنگونه كه هستند به ما مىنماياند، اما ساير قياسها، منتج يقين نيستند و هدف از آنها رسيدن به حقايق - آنگونه كه هستند - نيست و لذا در فلسفه كه هدف، دست يافتن به حقايق نفس الامرى است، بايد از ساير قياسها اجتناب نمود. در طول كتاب نهايه سعى مؤلف در رعايت اين اصل است كه فقط از آنچه به نظر خودش قياس برهانى مىداند، استفاده كند.
يكى ديگر از امتيازات اين كتاب این است که به بحثهاى بىثمر يا كمثمر، مثل بحثهاى ثابتات عدميه و حال، اعتنا نكرده و در عوض به بحثهاى مهم، نظير بحث وجود رابط و مستقل، بسيار اهميت داده است.
